Bereits im 16. und 17. Jahrhundert gab es in den Kirchengemeinden  auf dem Gebiet der heutigen Stadt Troisdorf reformatorische, also evangelische Aktivitäten, die jedoch durch die gegenreformatorischen Maßnahmen der damaligen Landesherrschaft zum Erliegen kamen. Als das Rheinland 1815 preußisch wurde, zogen die ersten evangelischen Beamten zu. Die Industrialisierung brachte im 19. Jahrhundert, vor allem mit der Entwicklung der Friedrich-Wilhelms-Hütte, erheblichen Zuzug von Evangelischen. 1903 konnte die evangelische Kirche in Troisdorf eingeweiht werden, die heute Johannes- oder Stadtkirche heißt. 1906 wurde die Kirchengemeinde, die bis dahin zur Siegburger Gemeinde gehörte, selbständig. Ihr Gebiet umfasste das gesamte Gebiet von der Mündung der Agger in die Sieg bis zur Mündung der Sieg in den Rhein. 1936 wurde das Gemeindehaus in der Kronprinzenstraße eingeweiht, 1951 der benachbarte Kindergarten. Nach dem 2. Weltkrieg zogen viele evangelische Vertriebene zu; auch die erstarkende Industrie ließ die Gemeinde weiter wachsen. Nach und nach wurden Kirchengemeinden ausgegliedert, bis schließlich das heutige Gemeindegebiet mit der Innenstadt (einschließlich Altenforst) und den Stadtteilen Troisdorf-West und Friedrich-Wilhelms-Hütte übrig blieb. Die Markuskirche im Altenforst wurde 1970 eingeweiht und 2004 verkauft. Das Dietrich-Bonhoeffer-Haus auf der Friedrich-Wilhelms-Hütte besteht seit 1976.

In den Jahren 2016 bis 2018 hat eine gemeinsame Arbeitsgruppe der Evangelischen Kirchengemeinde Troisdorf und der Evangelischen Friedenskirchengemeinde Troisdorf zur Gemeindegeschichte geforscht und eine Artikelserie dazu im damaligen Gemeindemagazin, dem „Kompass“, veröffentlicht. Diese Serie können Sie hier herunterladen, um sich ausführlich über die Geschichte der Gemeinde zu informieren: