Die Evangelische Kirchengemeinde Troisdorf arbeitet eng mit der Diakonie An Sieg und Rhein zusammen, die Menschen professionelle Hilfe anbietet. Die Kirchengemeinde finanziert die Allgemeine Sozialberatung der Diakonie. Einrichtungen der Diakonie wie die Suchthilfe und das Sozial-psychiatrische Zentrum liegen in unmittelbarer Nachbarschaft zur Johanneskirche, andere Einrichtungen sind in den Nachbarstädten gut erreichbar. Über alle professionellen diakonischen Angebote informiert die Internetseite der Diakonie An Sieg und Rhein.